พันธกิจการศึกษา มีหน้าที่หลักในการพัฒนาเยาวชนคริสเตียนและบุคคลทั่วไปให้ได้รับการศึกษาในระบบ นอกระบบ และการศึกษาตามอัธยาศัยเพื่อเป็นบุคลากรที่มีคุณภาพและประสิทธิภาพ มีชีวิตที่สมบูรณ์ตามแบบของพระเยซูคริสต์ พันธกิจการศึกษาประกอบด้วยสถาบันการศึกษาขั้นพื้นฐาน และสถาบันการศึกษาระดับอุดมศึกษา โดยมีสำนักงานพันธกิจการศึกษา เป็นผู้ประสานงานระหว่างคณะกรรมการพันธกิจการศึกษา กับสถาบันการศึกษา และมูลนิธิแห่งสภาคริสตจักรในประเทศไทย ปัจจุบันมีสถาบันการศึกษาขั้นพื้นฐาน 25 แห่ง ระดับอุดมศึกษา 2 แห่ง พันธกิจนี้ได้ดำเนินงานตอบสนองนโยบายสภาคริสตจักรในประเทศไทย สรุปได้ดังนี้

              1.   พัฒนาพันธกิจคริสเตียนศึกษาในโรงเรียนให้ตอบสนองต่อนโยบายของสภาคริสตจักรในประเทศไทย ในการจัดการศึกษา  โดยเน้นด้านคุณธรรม  จริยธรรม แก่ผู้เรียน

              2.   พัฒนาคุณภาพของผู้บริหาร ครูผู้สอน และบุคลากรฝ่ายสนับสนุนของโรงเรียนสังกัดสภาคริสตจักรในประเทศไทย ให้มีความรู้ ความสามารถในการปฏิรูปครู การเรียนรู้ พัฒนาศักยภาพของบุคลากรทุกฝ่าย และการบริหารจัดการศึกษาที่พึ่งตนเองได้อย่างเกิดผล

              3.   จัดสรรงบประมาณจากกองทุนพัฒนาสถาบันการศึกษาขั้นพื้นฐาน เพื่อพัฒนาคุณภาพการศึกษาแก่สถาบันขนาดเล็กและขนาดกลาง (กองทุนรวมพลัง)

              4.   ประสานงานสร้างความร่วมมือด้านการบริหารจัดการของโรงเรียนสังกัดสภาคริสตจักรในประเทศไทย เพื่อให้มีเอกภาพ คุณภาพ มาตรฐานด้านวิชาการ คุณธรรม และจริยธรรม เป็นศูนย์กลางในการติดต่อสื่อสารระหว่างโรงเรียนสังกัดสภาคริสตจักรในประเทศไทย ตลอดจนการประชาสัมพันธ์กิจกรรมข่าวสารต่างๆ

              5.   พัฒนาการบริหารจัดการหลักสูตรคริสตจริยธรรม โดยเน้นกระบวนการจัดการเรียนรู้ที่มุ่งสร้างผลสัมฤทธิ์ที่สมดุลในตัวผู้เรียน

        1)  สนับสนุนการจัดค่ายฟูมฟักนักเรียนคริสเตียน

      2)  สนับสนุนเงินเดือนอนุศาสกโรงเรียนขนาดเล็ก

      3)  จัดรีทรีตอนุศาสกและทีมงาน

      1)  การพัฒนาโรงเรียนขนาดเล็กด้วยการสนับสนุนจากกองทุนพัฒนาสถาบันการศึกษาขั้นพื้นฐาน (กองทุนรวมพลัง)

      2)  การอบรมครูจากต่างประเทศ

      3)  การอบรมเชิงปฏิบัติการครูสอนภาษาอังกฤษ

      4)  ประชุมผู้บริหารสถาบันการศึกษาและประธานกรรมการอำนวยการโรงเรียน

      5)  การศึกษาดูงานด้านการศึกษาสำหรับผู้ช่วยผู้บริหารโรงเรียน

      6)  การสัมมนาหัวหน้าการเงิน-การบัญชี

      7)  สร้างศาลาอเนกประสงค์ และปรับปรุงภูมิทัศน์โดยรอบของสำนักงานพันธกิจการศึกษาฯ

        1)  สนับสนุนให้บุคลากรสถานศึกษามีส่วนร่วมในพันธกิจของคริสตจักรท้องถิ่น

      2)  การส่งเสริมปรับปรุงและให้บริการค่ายดงพระพร และให้บริการห้องประชุม และห้องพัก ของสำนักงานพันธกิจการศึกษา ชั้น 1 ชั้น 2 และชั้น 3 

      3)  ประสานงานต่าง ๆ  เช่น มอบจักรยานในโครงการเครือข่ายมิตรภาพเอเชีย TAFS, นำนักเรียนจากประเทศอังกฤษร่วมกิจกรรม Home-stay, นำนักเรียนร่วมกิจกรรม ค่ายนานาชาติ Green Scout, ต้อนรับเยาวชนจากคริสตจักรในประเทศเกาหลี, นำนักเรียนในโรงเรียนสังกัดสภาคริสตจักรในประเทศไทย ในภาคเหนือ ร่วมค่ายเยาวชนญี่ปุ่น, ประสานกับสมาคม YMCA นนทบุรี ต้อนรับอาจารย์และนักศึกษาจากวิทยาลัย SEIWA  ประเทศญี่ปุ่น

        1)  สนับสนุนให้สถาบันการศึกษาจัดทำเครือข่ายเทคโนโลยีสารสนเทศ

      2)  พัฒนาเทคโนโลยี่สารสนเทศ

      3)  อบรมหัวหน้า ICT ของโรงเรียนในสังกัดสภาคริสตจักรในประเทศไทย